poplarity/dsh-science-workbench
30最近提交 2026年8月14日
dsh-science-workbench DSH 插件
该插件将 Jupyter 的内联图形、代理执行引擎和 Nextflow 风格的溯源整合到一个工作台中。它提供工具来运行自包含的代码单元格、为图形附加结构化反馈并重绘派生版本，所有步骤通过 SHA-256 哈希和自动 git 版本控制记录在纯文本 manifest.json 中。
如何安装 dsh-science-workbench DSH 插件
dsh plugin --profile web add dsh-science-workbench复制不会执行命令。安装 dsh-science-workbench DSH 插件前请核对仓库和版本。
dsh-science-workbench DSH 插件数据来源
dsh-science-workbench DSH 插件快照日期：2026年8月16日
discovered
dsh-science-workbench DSH 插件能做什么
- 运行自包含的代码单元格并自动发现输出中的图形
- 为任何工件附加结构化反馈，并触发重绘生成派生版本
- 记录完整溯源：单元格、SHA-256 哈希、参数、种子以及重运行之间的谱系
- 自动将每一步提交到本地 git 仓库，无需手动推送
- 跨平台宿主 Shell：macOS/Linux 使用 bash，Windows 使用 PowerShell
dsh-science-workbench DSH 插件适合哪些场景
- 生物信息学分析：例如绘制 TSS 富集图谱，并迭代调整颜色或参数
- 迭代图形优化：获取个人或审稿人的反馈，然后让代理根据修改重绘图形
- 可复现研究：为每个图形、代码和输入保留完整审计记录，随时可重现结果
dsh-science-workbench DSH 插件适合谁
- 需要可追踪、可重放分析的生物信息学家和计算生物学家
- 希望在不离开 DSH 代理环境的情况下进行结构化代码-图形-反馈循环的数据科学家
dsh-science-workbench DSH 插件的限制
- 需要运行中的 DSH web 实例，并已安装配置该插件
- 仅支持有限图形格式（PNG、JPEG、SVG、PDF、TIFF、BMP），其他格式可能无法内联预览
dsh-science-workbench DSH 插件的仓库 README 摘录
以下文字摘自 dsh-science-workbench DSH 插件的上游仓库 poplarity/dsh-science-workbench 的 README，版权归原作者，仅作引用。
English | [中文](README.zh.md) [](https://www.npmjs.com/package/dsh-science-workbench) [](./LICENSE) [](https://github.com/deepseek-ai/deepseek-harness) A **reproducible science workbench** plugin for the [DeepSeek Harness](https://github.com/deepseek-ai/deepseek-harness). It blends the best of three worlds: - **Jupyter** — cells and inline figures you can see and re-run; - **Claude Science** — an agent as the execution engine; - **Nextflow / nf-core** — every artifact carries full provenance. > **Core promise**: every figure and artifact is traceable and replayable. You can always answer *“it = which code + which inputs + which environment + which params/seed”*, and re-run it in one click. --- ## ✨ Features - **Code → figure → feedback → redraw** — the agent runs a self-contained cell to produce figures shown inline; you attach structured feedback to a figure, and `bio_rerun_cell` regenerates a derived version (`v1 → v2 → v3`). - **One ledger per project** — a plain-tex
阅读完整 README仓库许可: MIT
dsh-science-workbench DSH 插件常见问题
如何安装 dsh-science-workbench？
在终端中运行 `dsh plugin --profile web add dsh-science-workbench`。该命令会从 npm 安装包并自动将其添加到 DSH 配置文件 bundle 中。安装完成后，重启 `dsh web` 即可激活插件。
没有 DSH 可以使用这个插件吗？
不可以，它专门为 DeepSeek Harness 环境设计。插件注册的代理工具和工作台 UI 依赖 DSH 的主机和客户端基础设施。你必须先安装并运行 DSH 才能使用。
重新运行一个单元格会发生什么？
使用 `bio_rerun_cell` 重新运行单元格会创建一个派生版本（例如 cell_0001_v2）。新单元格会记录在 manifest 中，并链接到父单元格，它生成的图形也会被赋予新名称。原始单元格及其输出保持不变，因此你可以随时追溯。
插件如何确保可复现性？
每个单元格作为独立脚本在新子进程中运行，并固定了随机种子。宿主记录脚本、所有输入输出的 SHA-256 哈希、参数、环境锁定，并在每步后创建 git 提交。这提供了完整的审计线索，日后可以重放。
支持哪些文件格式的内联图形预览？
工作台可以内联预览 PNG、JPEG、SVG、PDF、TIFF 和 BMP 图像。其他格式的图片仍可由你的代码生成，但不会在工件预览面板中显示。你可以从文件系统下载它们，或使用“在 Finder 中打开”操作。