biociao/dsh-science
112最近提交 2026年8月15日
dsh-science DSH 插件
dsh-science 为 DeepSeek Harness 提供了结构化的研究循环（ReAct 状态机）和可追溯的工件管理。它包含 10 项科学技能，涵盖项目设置、文献综述、手稿撰写和生物信息学。该插件可以安装为配置文件包或代理预设，以获得完整的科学模式体验。
如何安装 dsh-science DSH 插件
dsh plugin --profile web add dsh-science # after npm publish复制不会执行命令。安装 dsh-science DSH 插件前请核对仓库和版本。
dsh-science DSH 插件数据来源
dsh-science DSH 插件快照日期：2026年8月16日
discovered
dsh-science DSH 插件能做什么
- 研究循环引擎，状态包括：问题→假设→实验→观察→分析→结论→下一个问题
- 带 SHA-256 来源的版本化工件，支持 diff、verify、deprecate 和 reproduce 工具
- 10 项科学技能：研究循环、科学项目设置、工件溯源、科学评审、文献连接、并行委派、手稿撰写、生信工具包、conda 环境、数据清单
- 并发安全的文件锁定和原子写入，用于清单和工件文件
- 结构化错误代码（ERR_NOT_INIT、ERR_NOT_FOUND 等）和假设状态机（提出→测试→支持/反驳/不确定）
- 清单与工件关联，以及自动模式迁移（v1→v2）
dsh-science DSH 插件适合哪些场景
- 在基因组学或生物信息学研究中，使用结构化循环进行可重复的研究
- 通过版本化工件和完整来源追踪假设和实验
- 利用自动假设检查和报告生成进行科学评审协作
- 使用标准化骨架（experiments、literature、artifacts 等）快速搭建新项目
- 通过技能将 DSH 与 conda 环境和生信工具包集成
dsh-science DSH 插件适合谁
- 使用 DeepSeek Harness 的生物信息学家和基因组学研究人员
- 希望借助 AI 代理实现系统化、可重复研究工作流程的科学家
dsh-science DSH 插件的限制
- 需要 DSH 0.1.0-rc.6 或更高版本以及 Node.js >=18
- 早期版本（v0.1.1 hardening），部分功能可能仍在演进中
dsh-science DSH 插件的仓库 README 摘录
以下文字摘自 dsh-science DSH 插件的上游仓库 biociao/dsh-science 的 README，版权归原作者，仅作引用。
**A Claude Science–style research workbench for [DeepSeek Harness](https://github.com/deepseek-ai/deepseek-harness) — for genomics / pathogens / human health / bioinformatics projects.** > One-liner: **dsh-science** — Claude Science-style research workbench for DSH: ReAct research-loop engine (research_* tools), versioned artifacts with provenance (artifact_* tools), and 10 science skills for genomics / pathogens / bioinformatics. - **ReAct research loop engine** — `research_init` / `research_state` / `research_hypothesis` / `research_experiment` / `research_findings` / `research_phase` / `research_review` / `research_report`, persisted in a `research-manifest.json` state machine (Question → Hypothesis → Experiment → Observe → Analyze → Conclude → Next Question). - **Versioned artifacts with provenance** — `artifact_save` / `artifact_list` / `artifact_show` / `artifact_diff` / `artifact_verify` / `artifact_deprecate` / `artifact_reproduce`: every result saved as `artifacts/<name>/v<N>/` with per-file SHA-256, `artifact.json` provenance (command / inputs / environment / envFile) and an append-only `provenance.md`. - **10 science skills** — research-loop, science-project-setup, art
阅读完整 README仓库许可: MIT
dsh-science DSH 插件常见问题
如何将 dsh-science 安装为 DSH 插件？
你可以通过 `dsh plugin --profile web add dsh-science`（npm 发布后）或直接从 GitHub 使用 `dsh plugin --profile web add "github:biociao/dsh-science"` 安装配置文件包。然后重启配置文件或刷新 Web GUI 即可使用工具。
配置文件包安装和代理预设安装有什么区别？
配置文件包安装后，配置文件上的所有代理都能使用 `research_*` 和 `artifact_*` 工具，只需一条命令。代理预设（科学模式）提供完整的科学模式体验，包含研究角色和按代理作用域；需要克隆仓库并运行 `scripts/install.sh`。
如何开始使用 dsh-science 进行研究会话？
首先运行 `research_init` 创建项目骨架和 `research-manifest.json`。然后在每次会话开始时读取 `research_state` 查看当前循环状态。使用 `research_hypothesis`、`research_experiment`、`research_findings` 和 `artifact_save` 来运行循环并保存结果。
10 项科学技能从哪里来，如何安装？
技能位于仓库的 `skills/` 目录中。它们会自动从项目的 `.dsh/skills/` 文件夹发现。你可以通过运行 `bash scripts/install-skills.sh` 将其安装到机器范围，该脚本会将技能复制到 `~/.dsh/skills`（遵循 `$DSH_HOME` 环境变量）。
dsh-science 是否支持并发并防止数据损坏？
是的，0.1.1 版本引入了并发安全的文件锁定（O_EXCL + 过期回收）和原子写入（tmp+rename），用于研究清单和工件文件。并行子代理不再会损坏或丢失对 `research-manifest.json` 或 `artifacts.json` 的更新。插件还使用结构化错误代码帮助调试问题。